中科院和北京市人民政府共同成立国家植物园理事会 ，形成共商、共建、共管、共享的管理模式。依托中科院植物研究所和北京市植物园现有相关资源，南、北两个园区形成统一规划、统一建设、统一标准、统一标识、统一运行的管理体系、构建可持续发展的新格局 ；完善多元化投入机制，加强重点功能区、馆藏设施、科研平台和配套基础设施建设，全面提升建设运行管理水平，稳妥有序推进国家植物园建设各项任务。

国家植物园由国家林草局、住房城乡建设部加强业务指导，与中国科学院和北京市人民政府建立四方联席会议机制，统筹协调解决重大问题。